本发明公开了一种基于物证一体化的宝玉石追溯方法及系统，该方法包括：根据宝玉石的类型和海关通关所需的各个申报条目，将各个申报条目对应的申报要素与海关申报编码进行匹配，得到多种匹配组合；在基于多种匹配组合确认物权方录入的宝玉石的申报信息，根据与宝玉石绑定的电子标签对宝玉石进行海关查验通关后，将宝玉石的通关信息存储至对应的追溯信息中；根据物权方或受让方的追溯请求，对目标宝玉石进行信息追溯。本发明的技术方案能够使宝玉石在海关通关过程中建立物证一体化、信息一体化和监管一体化的追溯系统，提高宝玉石通关的效率和安全性，使宝玉石的追溯信息真实可信，提高物权转移的安全性，增加宝玉石交易过程中消费和交易信心。